Hlavním orgánem je valná hromada, která se schází jednou za rok. Není společná, ale zvláštní pro každou národní část. 

Předsednictvo i předseda jsou voleni na čtyřleté období tak, aby bylo zhruba respektováno volební období do obecních zastupitelstev. Sedmnáctičlenné předsednictvo tvoří vždy starostové Českého Krumlova, Prachatic, Klatov a Domažlic a zástupci menších obcí z okresů Český Krumlov, Prachatice, Klatovy, Domažlice a Strakonice a Regionálního sdružení Šumava. Hejtmani z Plzeňského a Jihočeského kraje jsou členy s hlasem poradním. Národní předsednictva se schází při slavnostních příležitostech přibližně jednou za dva roky.

Orgány sdružení:

Valná hromada

• valná hromada je nejvyšším orgánem sdružení
• členy jsou všichni členové Euroregionu

Předsednictvo

• 3 zvolení zástupci za Regionální sdružení Šumava
• 4 zástupci měst Domažlice, Klatovy, Prachatice, Český Krumlov
• 2 zástupci z každého okresu Domažlice, Klatovy, Prachatice, Český Krumlov, Strakonice